SMA Negeri 2 Muara Badak, pertama kali didirikan oleh bapak Joko Mariono, S.Pd, bapak Sunarsit, S.Pd, dan bapak Drs. Ikhwandi pada tahun 2005  dengan menggunakan nama SMA Negeri 1 Filial Tanjung Limau. Sekolah yang merupakan cabang dari SMA Negeri 1 Muara Badak ini memulai debutnya dengan meminjam gedung SD 004 Muara Badak yang beralamatkan di jalan AM. Tahir Rt.01, desa Tanjung Limau dengan kepala sekolah Bapak Drs. Suwarno dan Koordinator SMAN 1 Filial Tanjung Limau yaitu bapak Drs. Ikhwandi. Hingga tepat pada tahun 2007, Sekolah ini memperoleh tambahan gedung sendiri yang beralamatkan di jalan poros Muara Badak-Marangkayu Rt. 01 , Desa Tanjung Limau dengan total jumlah 3 gedung Ruang KBM dan 2 gedung Ruang guru dan Staff TU. Setelah melewati masa sulit dan bertahan dengan 2 alamat sekolah yang berbeda yaitu SD 004 dan Lahan SMA Negeri 1 Filial itu sendiri, Pada akhirnya di tanggal 16 Februari 2009, nama SMA Negeri 2 Muara Badak diresmikan dengan kepala sekolah pada saat itu adalah Bapak Muhammad Basri, S.Pd. Seiring berjalannya waktu sekolah ini mendapat beberapa tambahan gedung baru diantaranya 8 gedung KBM, 4 Laboratorium, Perpustakaan, dan Gudang untuk menunjang sarana prasarana dan pembelajaran yang lebih baik.  Prestasi demi prestasi berhasil diraih oleh SMA Negeri 2 Muara Badak ditiap tahunnya, hingga pada tahun 2015 SMA Negeri 2 Muara Badak berhasil membuktikan diri sebagai sekolah unggulan dimuara badak dengan memperoleh Akreditasi A saat penilaian sekolah oleh Badan Akreditasi Nasional. Belum cukup sampai disitu, ditahun 2019 dibawah kepemimpinan bapak Muhammad Basri, S.Pd SMA Negeri 2 Muara Badak mendapat kepercayaan sebagai Sekolah Zonasi atau Sekolah Percontohan di Kutai Kartanegara. Sebuah prestasi terbaik untuk sekolah yang dapat dibilang masih berada diusia muda. Saat ini tonggak perjalanan SMA Negeri 2 Muara Badak diteruskan oleh bapak Sutrisna, S.Pd sebagai Kepala Sekolah yang akan memimpin dan membina SMA Negeri 2 Muara Badak untuk terus melangkah jauh kedepan